L’ultimo statuto approvato nel 1994 riporta come luogo di fondazione della Confraternita la Chiesa di Sancta Maria Mater Domini, il primo sacello francescano ove venne sepolto S. Antonio, oggi inglobato nella grande Basilica come Cappella della Madonna Mora. I primi luoghi di ritrovo dei sodali erano quindi messi a disposizione dai frati fino a quando all’inizio del 1400 fu concesso alla Confraternita di erigere un proprio Oratorio sul Sagrato della Basilica. Nacque così il primo insediamento di quella che oggi conosciamo, al modo in uso nel territorio di influenza della Serenissima Repubblica di Venezia, come Scoletta del Santo, la sede storica voluta ed eretta dalla Confraternita di S. Antonio.
Il numero crescente degli ascritti e le copiose donazioni che giungevano permisero già alla fine del XV secolo-inizio del XVI sec. di sopraelevare l’Oratorio erigendo e decorando la Sala capitolare o priorale, che iniziò ad essere utilizzata come luogo di ritrovo dei confratelli, mentre le consorelle continuavano a riunirsi nel sottostante oratorio.
In questi luoghi l’attività continuò ininterrottamente fino alla soppressione degli enti ecclesiastici in epoca napoleonica. Per continuare ad esistere la Confraternita dovette così cambiare il proprio titolo in Confraternita del Santissimo Sacramento, ma ben presto nel 1828, ad opera dell’allora Vescovo di Padova Mons. Modesto Farina, fu rifondata come Confraternita di S. Antonio di Padova, riprendendo pienamente la propria attività dal 7 dicembre 1828, con la Benedizione delle insegne confraternali e la vestizione degli ascritti, tra i quali come Protettore il C.te Alessandro Papafava, cavaliere gerolosomitano ed il nob. Agostino Scotti dei Duglassi, quale nuovo Priore.
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