Proprio al di sopra dell’altare si ammira il trittico francescano, del quale abbiamo già parlato per l’Oratorio sottostante. Al centro è la statua in terracotta policroma raffigurantela Vergine Maria assisa su un semplice trono con in braccio il Bambino Gesù.La Madonna fu modellata nel 1520 da Andrea Briosco detto il Riccio (nato a Trento intorno al 1470 e morto a Padova nel 1532), che ha scolpito anche il cero pasquale del presbiterio della basilica antoniana. Ai lati si stagliano le figure a sinistra di sant’Antonio (riconoscibile da giglio e libro) e a destra di San Francesco d’Assisi (riconoscibile dal crocifisso) mentre un angelo tra altri angeli incorona regina della Chiesa e dell’Ordine dei Minori l’Immacolata, accolta in una nicchia dipinta a mo’ di tendaggio in broccato dorato.

Il dipinto che accoglie come una quinta scenografica la statua della Madonna, chela Confraternitavenera fin dalle proprie origini sotto il titolo di Immacolata, è opera di Domenico Campagnola, che lo eseguì nel 1533, modificando probabilmente un dipinto preesistente verosimilmente di Gianantonio Corona (autore dei due affreschi laterali all’alatare).

Si noti come la tonaca dei Santi abbia la foggia di quella dei Frati Minori Conventuali ed il tipico color cinerino giacché tessuta di un filato in lana composto di due fili neri e uno bianco, che fu il colore codificato nelle costituzioni narbonensi dell’Ordine.

A dare profondità alla scena sono le due colonne dipinte in prospettiva, decorate con grottesche simili a quelle delle parastine in legno dipinto e dorato che suddividono le pareti in diversi riquadri, ciascuno dei quali accoglie ed incornicia nel contempo un dipinto. 

Al centro dell’altare in luogo distintissimo e di massimo onore è collocato il tabernacolo, destinato ad accogliere e conservare il Santissimo Sacramento, la cui porticina è decorata con un bassorilievo ligneo raffigurante lo stemma dell’Ordine francescano, detto la Conformitas: d’azzurro a un braccio nudo al naturale uscente da una nube d’argento, con il segno del chiodo alla palma della mano; l’altro braccio vestito del saio francescano, incrociante il primo, con lo stesso segno alla mano; una croce d’oro raggiante che emerge tra le due braccia.

Di particolare pregio la lavorazione del paliotto d’altare eseguita in radica.